DNAと複合体を形成した逆転写酵素 The N-Terminal Fragment From Moloney Murine Leukemia Virus Reverse Transcriptase Complexed With Nucleic Acid

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モロニーマウス白血病ウィルス由来の逆転写酵素(MMLV-RT)のN末端フラグメントとDNAの複合体です。2017年まではDNAの平滑2本鎖DNAの3'末端に十分な効率でヌクレオチドを付加する活性(tailing活性)は、Taqポリメラーゼによる単独のA付加活性だけでした。2017年に、MMLV-RTが強い塩基付加活性を有していることが発見され(doi: 10.1038/srep41769)、さらにその活性を増強する化合物が見つかり(doi: 10.1038/s41598-017-04765-8)、例えば4塩基のGを3'から突出させることができるようになりました。3'突出Gを持つDNAはCIS反応の基質とすることができ、アダプターDNAを効率良く付加するのに利用できます(doi: 10.1093/dnares/dsy018)。 このモデルはタンパク質の構造データ(MMDB ID: 91604 PDB ID:1QAI)に基づいて、ruby スクリプトにより作成しました。このrubyスクリプトでは、一般的なPDB形式のデータを3次元モデルに変換することができます。この当該scriptは作成のプロセスを含め、https://qiita.com/yoho/items/1e15bbd4e3a7c4c7ff69 にて公開しています。 This 3D model represents a reverse transcriptase from Moloney Murine Leukemia Virus (MMLV-RT) complexed with double stranded DNA. The known activity enough to append a nucleotide to 3' end of blunt-end DNA was limited to Taq polymerase, which appends a single A to produce a A-overhang. In 2017, MMLV-RT was found to have a strong tailing activity (doi: 10.1038/srep41769), and in conjunction with the finding of specific enhancing compounds (doi: 10.1038/s41598-017-04765-8), now it is readily achievable to append four Gs to 3' end of blunt-end DNA. The G-tail thus created is a nice substrate for CIS reaction (doi: 10.1093/dnares/dsy018). In the CIS reaction MMLV-RT incorporates a single strand DNA carrying 3' C-tail to the G-tail and synthesizes the complementary strand. A ruby script was used to convert 3D structure data (PDB ID:1QAI) to the 3D model. The script should convert general PDB format data into 3D structures in SketchUp. The script is available at https://qiita.com/yoho/items/1e15bbd4e3a7c4c7ff69 (in Japanese).